Kichi es un poderoso ninja que huye del clan Takeda, y más concretamente de otro ninja llamado Saburoza. En su viaje conoce a dos hombres misteriosos. El primero es un enemigo sin demasiadas ganas de jugarse la vida; Doko Harima. El otro es un alegre vagabundo convencido de que algún día será el señor de Japón, y su nombre es Tokichiro Kinoshita. Este último les convence para unirse a los Bashaku y transportar 300 rifles hasta su señor Nobunaga Oda

En una playa de Japón, unos pescadores descubren un huevo gigantesco. El huevo es vendido a Yamamura, un corrupto hombre de negocios que pretende incubarlo para convertir a la criatura contenida en él en la principal atracción de un parque temático de próxima inauguración. Yamamura no toma en serio a las dos diminutas gemelas protectoras de Mothra, las Aelinas, que lideran una iniciativa popular para que el huevo sea devuelto a su madre, que solo accederá a enfrentarse con Godzilla cuando este amenace la integridad de su criatura.

Tras la destrucción de un submarino empiezan a cobrar importancia las teorías del profesor mafune, un cientifico que hace 15 años dijo que todavia existía un dinosaurio vivo en el área donde se destruyo el laberinto, asi pues se intentara localizar a mafune el cual lleva años desaparecido ya que esta planeando vengarse de la tierra aliándose con unos alienigenas que pretenden conquistar el planeta.

Una expedición científica organizada por Mr. Tako, presidente de una firma de productos farmacéuticos, viaja a la isla Farou para recoger bayas rojas con fuertes poderes somníferos. En la isla los miembros de la expedición descubrirán un gorila de enormes dimensiones que acabarán llevándose a Tokyo. El gigantesco simio será utilizado después por las autoridades para detener a Godzilla, liberada después de la explosión del iceberg que la mantenía prisionera, con un apoteósica lucha final en el Monte Fuji.

Tres monstruos (Mothra, Godzilla y Rodan) se alían para salvar al Japón (y al mundo entero, occidental y no occidental) de la destrucción a la que se ve amenazado por el terrible monstruo de tres cabezas Ghidorah.

Gorath es un meteoro errante (6000 veces más grande que nuestro planeta) que viaja inexorablemente en curso de colisión contra la Tierra, absorbiendo todo lo que se le envía. Los cientificos tendrán que evitarlo, pero la cosa es difícil ya que la solución propuesta para escapar niega todas las posibilidades de la física al apartar nuestro planeta del camino de Gorath. Tras una cumbre de científicos internacional se propone el lanzamiento de unos proyectiles desde el Polo Sur. Pero el calor provoca el derretimiento de un casquete y la liberación de Maguma, una monstruosa morsa gigante.

El joven doctor Yasuoto regresa a su pueblo después de estudiar en Nagasaki, pero, en cuanto llega, sufre una gran desilusión: en lugar de ser nombrado médico del shogun lo envían a una clínica que cuenta con muy pocos recursos y está dirigida por un médico apodado "Barbarroja".

El comandante Nelson, del submarino Explorer, estudia el mito de King Kong, que le fascina, y aprovechando unas reparaciones se acerca a la isla de Mondo, donde según sus investigaciones debe habitar Kong. Mientras, en el Polo Norte, el pérfido Doctor Who tiene una base secreta, en la cual ha construido un émulo robótico de Kong, Mechanikong.

En un momento crucial de su vida financiera, Gondo, un hombre de negocios, recibe la noticia de que su hijo ha sido secuestrado, y el rescate exigido es una cantidad de dinero similar a la que necesita para cerrar una importante negociación. Gondo está dispuesto a pagar el rescate hasta que comprende que los secuestradores se han equivocado y se han llevado al hijo del chófer. Ahora deberá decidir si el dinero es más importante que la vida del niño.

La hija del presidente de una importante empresa inmobiliaria se casa con Nishi, el secretario de su padre. Durante la boda, ciertos rumores y comentarios circulan entre los invitados: cinco años antes, cuando un hombre murió, tras caer por la ventana del último piso del edificio de la compañía, mucha gente dudó de la versión oficial, según la cual se había tratado de un suicidio.

La guerre entre les clans Toyotomi et Tokugawa fait rage. Le sabreur Mohei, dont la famille a été entièrement décimée, est recruté par les Toyotomi pour venir à bout du siège du château d'Osaka. Les talents de casse-cou de Mohei seront mis à rudes épreuves.

En el siglo XIX, en un Japón todavía feudal, un samurái llega a un poblado, donde dos bandas de mercenarios luchan entre sí por el control del territorio. Muy pronto el recién llegado da muestras de ser un guerrero invencible, por lo que los jefes de las dos bandas intentan contratar sus servicios.

En 1945, le sergent de l'armée japonaise Kosugi et un peloton de jeunes recrues vertes doivent reprendre et défendre un fort occupé par les forces chinoises.

Una misteriosa isla ha sido colonizada por una extraña organización terrorista de tintes comunistas llamada Red Bamboo, que ha esclavizado a la población indígena y que se dedica a la fabricación de bombas atómicas. En esta isla vive la langosta gigante Ebirah, que se encarga de devorar a todos aquellos que intentan escapar del lugar, hasta que un rayo despierta a Godzilla, dormido casualmente en el interior de una gruta de la isla.